在红军主力改编前后，为了加强党对人民军队的绝对领导，同时为健全党的组织，以集体领导的方式来代替政治委员制度，中共中央决定在红军改编后的部队中设立军政委员会。

集体领导代替政治委员制度

1937年6月至8月间，中共中央对红军改编后部队中党的组织制度作出规定：红军中实行单一首长制；师以上及独立行动的部队设立军政委员会，以集体领导方式代替政治委员制度，指导党、政、军的全部工作并向上级军政委员会或党中央负责。军政委员会由各该部首长及其副职和政治部主任等五人组成，其名单和书记均由上级军政委员会或党中央指定与批准。为了使军队中党内的工作与一般的政治工作分开，师团两级及总部和师的直属队组织党的委员会；旅营两级由军政主要干部组织特别小组；连队建立党的支部。各级党委会领导党的一切工作，保证党在部队中的绝对领导。

集体领导与单一首长相结合

1937年8月，洛川会议决定重组中共中央革命军事委员会(中央军委)，毛泽东任书记(主席)，周恩来、朱德任副书记(副主席)。8月底，红军主力改编为八路军。中共中央发出《关于成立前方军委分会及各师成立军政委员会的决定》，组成以朱德为书记、彭德怀为副书记的前方军委分会(1941年4月后改称华北军分会)。八路军3个师分别成立了军政委员会。第115师由林彪任书记，第120师由贺龙任书记，第129师由刘伯承任书记。各师军政委员会均受前方军委分会统辖。军政委员会是党在八路军各师的秘密组织和最高领导机关，实行集体领导与单一首长相结合的领导体制。军政委员会的书记(或主席)由部队首长担任，实行单一首长负责制。军政委员会不干预单一首长的日常职务和工作，对一般问题也只作原则上的决定和定期检查。单一首长对军政委员会的决定不同意时，则由上级军政委员会或中央解决，但在解决前仍须执行军政委员会的决定。同年10月，中央军委决定恢复政治委员和政治部制度，主要负责党的工作和政治工作。

军地共组军政委员会

在开辟抗日根据地的过程中，八路军与地方党政共同组建了军政委员会，统一领导抗日根据地党政军民的全面工作，其主力部队内部的军政委员会仍旧存在。1941年2月，中央军委颁布《军政委员会条例》，规定在军、师、旅、团及纵队、支队、军区、分区等级成立军政委员会，作为各级的集体领导机关。军政委员会由司令员、政委、政治部主任、参谋长等组成，主席一般由政委担任。军政委员会为执行上级指示，决定该部大政方针，布置工作及检讨工作的领导机构。举凡关系本部的军、政、党、后勤等一切工作，均可讨论决定，并拥有批准干部升迁与调动之权，其决定交由各部门执行。军政委员会实际上起着党委集体领导的作用，但这并不削弱部队首长个人负责制。此后，八路军团、支队及分区以上部队中普遍建立健全了军政委员会，成为本级部队中的最高领导机构。党不仅扩大了军队中党组织的集体领导范围，而且尝试着厘定军队与地方之间的关系。伴随着八路军以及敌后抗日根据地各种力量的发展壮大，军政委员会制度逐渐地固化为抗战时期党掌控军队的基本制度。

军政委员会作为党在八路军各部队中的最高领导机构，实际上起着党委集体领导的作用。八路军实行单一首长负责制，部队首长最主要是负责军事工作，对军事事宜具有灵活的决策权，因此军政委员会的集体领导并不削弱首长个人负责制。军政委员会制度是党的集体领导与首长个人负责相结合的一种领导体制，在抗日根据地建设中发挥了至关重要的作用。八路军每到一处，首先帮助地方建立和发展党组织，抗日根据地逐步建立起以党的领导为核心的党委、军队、政府、民众团体各自相对独立的系统。当地方党组织在能力和威信各方面均能实际统一当地党政军民之领导时，以军队党组织为主导的军政委员会即行撤销，一切领导权乃归诸地方党组织。军政委员会的运作机制在抗日根据地的发展中具有示范、监护、引领的效应。

恢复党委制